La Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza, reconocida popularmente como el organismo de máxima autoridad en este tema, da una lista con 7 vertebrados extintos en este territorio, 1 ave, 3 mamíferos, 2 reptiles y 1 anfibio. Todos ellos excepto el anfibio pertenecientes a las Islas Galápagos.
Aves extintas en Ecuador (Galápagos)
Papamoscas menos bermellon, nombre científico: Pyrocephalus dubius
Mamíferos extintos en Ecuador (Galápagos)
Ratón de Galápagos infatigable, nombre científico: Nesoryzomys indefessus
Rata gigante de Galápagos, nombre científico: Megaoryzomys curioi
Rata de Darwin, nombre científico: Nesoryzomys darwini
Reptiles extintos en Ecuador (Galápagos)
Tortuga gigante Pinta, nombre científico: Chelonoidis abingdonii
Tortuga gigante Floreana, nombre científico: Chelonoidis niger
Anfibios extintos en Ecuador
Rana arlequín de nariz larga, nombre científico: Atelopus longirostris