1. 正极材料：磷酸铁锂电池的正极采用磷酸铁，而三元锂电池的正极使用镍钴锰酸锂或镍钴铝酸锂等三元材料。
2. 能量密度：三元锂电池的能量密度更高，其电芯能量密度一般在200Wh/kg左右，而磷酸铁锂电池电芯能量密度约为110Wh/kg。同等重量下，三元锂电池的能量密度约为磷酸铁锂电池的1.7倍，可为新能源汽车带来更长的续航。
3. 安全性：磷酸铁锂电池具有更好的热稳定性，电热峰值超过350℃，化学成分在500℃至600℃之间才开始分解。而三元锂电池的材料在200度左右容易分解，电解液在高温作用下可能会迅速燃烧，甚至引起车辆自燃。不过，电池的安全性还与电控系统、热管理系统等相关。
4. 低温性能：三元锂电池具有更好的耐低温性能。在零下20℃时，三元锂电池可以释放约70%的容量，而磷酸铁锂电池只能释放约55%的容量；在零下30℃时，三元锂电池的低温极限仍能保持较好的放电性能，而磷酸铁锂的低温下限为-20℃，低温环境电性能较差。
5. 循环寿命：磷酸铁锂电池的循环寿命优于三元锂电池。磷酸铁锂电池完整充放电循环次数可达3500次以上，而三元锂电池完成2000次以上的充放电循环后会开始出现衰减现象。
6. 制造成本：磷酸铁锂电池不含贵金属材料（如镍钴元素），生产成本更低。三元锂电池使用多种镍、钴、锰材料，且生产高镍电池对工艺环境要求严格，成本较高。不过，近年来锂、钴等金属资源紧缺，价格波动较大，其成本也受到一定影响。
7. 应用车型：磷酸铁锂电池常用于大型电动车、公交车、景点游览车、混合动力车等；三元锂电池则广泛应用于移动和无线电子设备、电动工具、混合动力和电动汽车，一些高端电动汽车或插电混动汽车多使用三元锂电池。
两种电池各有优势，磷酸铁锂电池具有耐高温、安全稳定性强、价格低廉、循环性能更好等优点；三元锂电池在储能密度方面有优势，可满足消费者对电动汽车长续航里程的需求。在实际应用中，具体选择哪种电池，需要综合考虑车辆的性能要求、成本预算以及使用环境等因素。未来，随着技术的不断发展，两者的性能可能还会进一步提升。