Sejarawan hingga kini masih memperdebatkan lama berlangsungnya perang ini; beberapa sejarawan meyakini bahwa Maklumat Nantes pada tahun 1598 mengakhiri perang ini, walaupun pemberontakan Huguenot masih berlanjut sehingga menurut sejarawan lain Perdamaian Alais pada tahun 1629 merupakan peristiwa yang mengakhiri perang ini. Namun, Pembantaian Vassy pada tahun 1562 dianggap sebagai awal mula Perang Agama Prancis.
Diperkirakan 2.000.000 hingga 4.000.000 orang tewas akibat perang, kelaparan, dan penyakit. Saat konflik berakhir pada tahun 1598, Maklumat Nantes memberikan berbagai hak dan kebebasan untuk Huguenot, walaupun maklumat ini tidak mengakhiri permusuhan antara Katolik dengan Protestan. Perang ini melemahkan otoritas monarki, walaupun nantinya Raja Henri IV berhasil memperkuatnya kembali.
[WhereIn Android] (http://www.wherein.io)