Me gustaría saber dónde has leído semejante disparate sobre la pasteurización. El proceso apenas altera las propiedades químicas de la leche, solo se podría formar carbonato cálcico si se burbujease CO2 sobre la leche y se le añadieran sustancias alcalinas. El calcio en la leche está mayoritariaente en forma de caseinatos (unido a proteínas)que esfácilmente asimilable por el cuerpo humano.
http://www.sabelotodo.org/quimica/leche.html
Ingerir carbonato de calcio en ningún caso afectaría a los huesos, el organismo se protegería eliminando esta sustancia por los riñones y acelerando la respiración para eliminar más CO2 de la sangre.
http://saludbio.com/articulo/como-regula-el-pH-el-organismo
Por último añadir que tomar mucho calcio no sirve de nada si no se cuenta con suficiente vitamina D, que se puede obtener tomando el sol y tomando alimentos enriquecidos en esta sustancia. Tomar mucho calcio sin la suficiente cantidad de vitamina D puede acabar ocasionando piedras en los riñones.
https://medlineplus.gov/spanish/ency/patientinstructions/000490.htm