Banyak hal yang menyangkut khilafiyah salah satunya adalah tentang persoalan seperti qunut, jumlah rakaat Tarawih, maupun jumlah adzan shalat jum’at. Meski Buya Hamka boleh dibilang tokoh Muhammadiyah yang tidak mempraktikkan qunut pada shalat subuh, namun beliau menghormati sahabatnya, KH. Abdullah Syafi’ie, ulama yang menyatakan bahwa qunut shalat shubuh itu hukumnya sunnah muakkadah.