4 жовтня 1999 року Daniel Robbins разом з Bob Mutch почали розробку нового дистрибутиву та зареєстрували відповідний домен gentoo.org.
Засновники малин на меті спробу сумістити деякі ідеї з операційної системи FreeBSD разом з дистрибутивом Enoch, на якому проводили експерименти.
Базовою відмінністю Gentoo стало розділення системи на мінімальну базову частину, достатню для збирання основних застосунків та власне набори вихідні текстів програм - так звані порти (portage).
Перший стабільний реліз Gentoo з’явився у березні 2002 року - аж через три року від часу заснування.
На сьогодні дистрибутив не є надто популярним серед користувачів, адже вважається одним з найскладнішим в освоєнні. Проте Gentoo можна назвати одним з найшвидшим та найбільш пристосованим. Система портована на більшість відомих платформ і була першою серед Лінуксів яку пристосували для 64-бітних процесорів PowerPC 970 (G5)
Gentoo є батьком таких дистрибутивів як Calculate Linux, Sabayon Linux та SystemRescueCd.
Джерело: gentoo.org