Свою назву острови отримали від іспанського слова «galapagos», що означає «водяні черепахи». Першим європейцем, що висадилися на Галапагосскі острови, був іспанський священик і четвертий епіскоп Панами Томас де Берланга, який від великої кількості черепах і придумав цю назву. Це сталося 10 березня 1535 року, а на морських картах архіпелаг з'явився в 1570-му році.
Протягом півстоліття на острови не часто навідувалися європейці, тому на Галапагоських островах влаштувалися пірати, які грабували іспанські та англійські судна, що заходили в регіон.