Localidades

Porque é se diz "no Porto", "na Amadora" ou "no Seixal" e sobre outras localidades tem de se dizer "em Coimbra", "em Viana do Castelo" ou "em Setúbal"? Não se poderia usar a preposição "em" em todas elas, do género "em Porto", "em Algarve" ou "em Seixal"? Ou então usar "no" e "na". Por exemplo "na Coimbra", "na Viana do Castelo", "no Setúbal"... ou será "na Setúbal"? Será que é por não sabermos o sexo da localidade? Realmente, não sei se Setúbal é feminino ou masculino.
Há localidades que não sei de que maneira hei-de dizer. Por exemplo, há anos que eu dizia "em Miratejo" e só recentemente é que soube que se deve dizer "no Miratejo". Porquê? É que ainda por cima "O Miratejo" fica "EM Corroios". Porque é que não fica "NO Corroios"? Que confusão.