Не весь острів порушений людською діяльністю.Зарості мангрових лісів на півночі змінюються тропічними лісами в центральній частині. На скелястій південній частині острова переважають рідкісні дерева.
Багатий тваринний світ острова Ява сильно постраждав з приходом європейців. Процвітаючі ендемічні види тварин стали об'єктом полювання. Так, майже повністю був знищений яванський носоріг, на який полювали з метою видобутку рога тварини. Скорочення чисельності яванського носорога тільки підвищила ціну на цю тварину на чорному ринку. В даний час на Яві живе менше 100 яванських носорогів. Не багато їх і у В'єтнамі (8 особин, імовірно все самки), де так само жила це тварина.
Яванська свиня, яванський малий канчіль, яванський леопард, зелений павич - ось лише деякі тварини, які живуть тільки на Яві. Більшість видів знаходиться під загрозою вимирання і занесені в Міжнародну Червону книгу.
Острів омивається Яванським морем. Особливо різноманітна фауна на мілинах і у коралових рифів. Крім промислових риб (ставрида, оселедець, скумбрія, тунець) в Яванському морі можна зустріти рідкісних тварин - мурен, вугрів, скатів, і деякі види акул.