很多答案可能没有触碰到题主想问的核心要点。
其实演化并没有那么多的「目的性」，它只是自然发生的一个过程。从演化角度看，「喜欢熟食的味道」这个性状是可以获得生存优势，被逐渐选择出来的。
整个过程可以分为这么几步：
远古人类偶然发现，经过火烤以后的食物，风味和口感变得与生食不同。
注意，只要「不同」就可以了。变得「不同」是客观的。而「偏好」是主观的。这个阶段，远古人类可能并不会产生偏好。
由于风味不同，远古人类逐渐产生不同的偏好，有人更喜爱生食的味道，有人更喜爱熟食的味道。
喜欢熟食味道的远古人类，患食源性疾病的风险显著更低，于是获得了遗传优势，更容易把基因传给下一代。
于是，「喜爱熟食味道」的性状被自然选择的力量缓慢选择出来，逐渐成为主流。
现在，再回到问题：「人类煮熟食物主要是以杀菌为目的还是风味为目的？」，初看似乎两者都有道理。但其实两者不矛盾，而是在互相强化。风味上的偏好导致了自然选择的发生，而熟食「杀菌」的特点也使得「偏好熟食」能获得更多生存优势，被选择出来。
假如有和煮熟一样的杀菌手段但是不改变食品的口感和性状，会成为主流的食物处理方式吗？
现代已经有很多非热杀菌方式，比如臭氧、紫外线、超高压杀菌（HPP）、膜过滤除菌等，确实可以做到有效杀菌且基本不改变食品的口感和性状。
这些杀菌方式，有的目前是主流。比如对于瓶装纯净水的臭氧/紫外线消毒，就是行业惯用的处理方式。
但有些尚未成为主流，比如超高压杀菌（HPP）和膜过滤除菌。目前也能买到 HPP 处理的果汁等饮料、膜过滤除菌的牛奶等，这些产品风味确实更好，但成本高，价格也一直居高不下，因此目前很难成为主流，可能还需要一些时间。