O jogo se passa em um grupo de ilhas em um vasto mar, um ponto de partida para a série. O jogador controla o protagonista da série Link enquanto ele tenta salvar sua irmã do feiticeiro Ganon e se envolve em uma luta pela Triforce, uma relíquia sagrada que realiza desejos. Ajudado por aliados, incluindo o capitão pirata Tetra - uma encarnação da princesa Zelda - e um barco falante chamado King of Red Lions, Link navega pelo oceano, explora ilhas e atravessa masmorras para adquirir o poder necessário para derrotar Ganon. O vento, que facilita a navegação, desempenha um papel importante e pode ser controlado com um bastão de maestro mágico chamado Wind Waker.
Neste video terminamos a ilha tutorial onde nascemos.