Karaağaçtepe Höyüğü, Çanakkale'nin güneybatısında, Sebdülbahir Köyüne üç kilometre mesafede, Morto Koyuna bir kilometre mesafededir. Bazı kaynaklara göre Protesialos Tümülüsü olarak tanımlanmıştır. Tepenin çapı 100 metre, yüksekliği sekiz metredir. Günümüzde denizden bir kilometre uzaktaki höyüğün, iskan edildiği zaman deniz kıyısında olduğu tahmin edilmektedir.
Höyükteki ilk kazıları Heinrich Schlieman 1882 senesinde yapmıştır.
I .Dünya Savaşı sonrasında 1921 ile 1923 senelerinde Fransız İşgal Kuvvetleri denetlemesinde R. Demangel tarafından yapılan çalışmada, az sayıda çanak çömlek bulunmuş, bulunanlar İstanbul Arkeoloji Müzesine gönderilmiştir. 1982 senesinde Mehmet Özdoğan'ın yaptığı Gelibolu Yarımadası Yüzey Araştırmalarında tekrar incelenmiş, diğer yüzey çalışması 2008 senesinde Çanakkale 18 Mart Üniversitesi Öğretim Görevlisi Onur Özbek tarafından gerçekleştirilmiştir.
Höyükteki 1920 senesinden itibaren yapılan çalışmalarda 11 metre yükseklikte kültür dolgusu saptanmıştır. En üst bölümdeki 1 metrelik tabaka Bizans Dönemine aittir. Bunun altındaki diğer tabakalarsa prehistorik çağlara aittir. I. Tabaka Kalkolitik Çağa, II. Tabaka Erken Tunç Çağı, 1. evreye, III. ve IV. Tabakalar ise Erken Tunç Çağına aittir.
Mehmet Özdoğan'ın çalışmalarında 4 metrelik en alt tabakada, Neolitik Çağ ve Erken Kalkolitik Çağa da ait yerleşme olduğunu söylemiştir. Onur Özbek'in çalışmalarında ise Neolitik Dönem çanak ve çömleklerine rastlanmıştır.