La biodiversidad en Ecuador viene definida por la gran variedad de ecosistemas que posee en su zona continental y el Archipiélago de las Galápagos.
Con una extensión de aproximadamente 257.000 Kilometros cuadrados destaca por la enorme diversidad de especies en relacción a su extensión territorial.
Los ecosistemas del Ecuador continental estan marcados principalmente por las grandes diferencias de altitud y la gran variedad de climas que alberga (Climas tropicales húmedos, Climas cálidos secos, Climas templados y Climas fríos, cada uno de ellos con diferentes subclimas)
El ecosistema de las Galápagos esta definido por su origen volcánico, su posición latitudinal (uno de los dos archipielagos del planeta con territorios en ambos hemisferios) y la distancia al continente (1.000 Km), lo que ha definido la evolución de sus especies. (Aquí se desarrolló la Teoría de la Evolución de las Especies de Charles Darwin)
Las Islas Galápagos, tambien conocidas como Archipiélago de Colón, (formadas por 13 islas principales y 107 islotes) fueron declaradas por la UNESCO en 1979 Patrimonio Natural de la Humanidad y en 1985 Reserva de la Biosfera, siendo la segunda reserva marina del planeta por su extensión y convirtiendose en uno de los sitios mas visitados del mundo para la observación de la fauna.
En Ecuador se han catalogado unas 18.000 especies de plantas y alrededor de 4.800 especies de vertebrados, aglutinando entre ellos el 9% de las ranas del planeta y mas de 400 especies de mamíferos.