La causa exacta de una enfermedad rara o huérfana sigue siendo un misterio aún desconocido. Sin embargo para una porción significativa de la población el problema se puede originar en mutaciones (cambios) en un gen. Muchas de estas mutaciones genéticas pueden pasar de generación en generación, explicando por qué algunas enfermedades raras o huérfanas son familiares. Es importante resaltar que la genética es solo un factor. Existen Factores ambientales como la dieta, fumar, o exposición a químicos también estos juegan un papel fundamental en las enfermedades huérfanas. Estos factores pueden causar enfermedades o interactuar con factores genéticos para aumentar la severidad de una enfermedad.
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