Pelabuhan Malahayati di yakini sudah ada sejak zaman Sultan Iskandar Muda, namun tempatnya tidak persis berada di posisi(pelabuhan) sekarang ini.
Pelabuhan Malahayati sejak dulu disinggahi pedagang dari Cina yang kemudian dikenal dengan sebutan Lamwuli. Merujuk pada catatan sejarah Aceh, Lamwuli yang dimaksud yaitu Kerajaan Lamuri yang letaknya tidak jauh dari posisi Pelabuhan Malahayati saat ini.
Lamuri merupakan salah satu kerajaan di Aceh yang masih bercorak kebudayaan Hindu. Kerajaan ini kemudian berubah menjadi Kerajaan Aceh Darussalam setelah rajanya yang terakhir memeluk Islam. Pusat Kerajaan Lamuri yang semula berada di Krueng Raya dipindahkan ke tepi muara Krueng Aceh.
Dalam catatan Dinasti Ming mengenai Aceh yang dikutip Denys Lombard dalam bukunya Kerajaan Aceh; Zaman Sultan Iskandar Muda, bangsa Cina kerap mengunjungi Lamuri untuk berdagang batu mulia, akik, hablur, nila, kuda yang bernilai tinggi, badak, batu ambar dan kayu gaharu. Selain itu, bangsa Cina juga kerap membeli kayu kelembak, pucuk, cengkeh, dupa, keris, busur, timah, lada, kayu sapan, belerang, dan barang-barang lainnya.
Oleh masyarakat Aceh, penyebutan kata Lamuri kemudian berubah menjadi Lamreh. Pelabuhan tua ini, kemudian diambil alih oleh PT Pelindo pada tahun 1970. Pelabuhan ini pernah menjadi salah satu pelabuhan transit ke Pulau Sabang di era 80-an.
Kemudian pelabuhan tersebut dialih fungsikan menjadi tempat persinggahan kapal barang setelah beroperasinya Pelabuhan Ulee Lheue sekira tahun 2004. Saat tsunami, lokasi pelabuhan ini ikut terkena imbas gelombang pasang air laut. Beberapa saat pelabuhan ini tidak bisa disinggahi kapal. Setelah diadakan pembersihan oleh lembaga donor, sekitar tahun 2007 pelabuhan ini kembali beroperasi.(source: pelindo)